Музей был открыт в 1973 году решением правительства. Первая экспозиция была представлена в 1984 году в честь 1300-летия Болгарского государства. В 2000 году музей переместился в здание правительственной резиденции «Бояна», София.
Фонды и отделы

На сегодняшний день в музее около 650 тысяч единиц хранения.
Наиболее ценными являются коллекции археологических находок от палеолита до средневековья.Кроме того здесь экспонируются старинные монеты, оружие, предметы быта, мебель, карты, геральдические символы, редкие исторические фотографии, церковная утварь, марки.
Исторический музей состоит из нескольких отделов: археологии, истории и этнографии.